硝酸盐本身毒性并不大，但它在人体内可被还原成亚硝酸盐，使正常的血红蛋白氧化成高铁血红蛋白，而丧失携氧能力，导致人机体内缺氧，引起高铁血红蛋白症。
亚硝酸盐还可以与人肠胃中的含氮化合物结合成致癌的亚硝酸铵，导致消化系统癌变。
蔬菜是易富集硝酸盐的植物，特别是氮肥的过量使用，使土壤中残留的硝酸盐含量急剧上升，导致蔬菜中的硝酸盐含量也急剧上升，给蔬菜的食用安全带来隐患。
蔬菜地实行稻菜轮作，在水稻种植季，一方面通过水的稀释和冲刷，可降低土壤中残留的氮肥和硝酸盐；另一方面种植水稻可充分利用土壤中残留的氮肥，从而避免了过多的氮肥转变成硝酸盐残留在土壤中。
