香水柠檬由于属于须根系植物，施肥以淡肥勤施为好，且以沤制的有机肥液为佳，既呈微酸性，以利于植株吸收，还不会根系。幼树定植后年和第二年施用氮肥作追肥，促进树冠的形成，但以后要控制氮肥，增加钙镁磷复合肥的施用。秋季施有机肥作基肥，结合生长期根外追肥，加强树体营养，促进花芽形成及开花着果。
香水柠檬结果树施肥重点放在谢花后至果实膨大期和秋梢抽发期。肥料可施腐熟麸肥或人粪尿，并结合生长情况经常追施尿素和磷钾肥。追肥采用薄肥多施的办法，即多次，少量，以防流失。柠檬不耐旱要及时淋水或灌溉。
香水柠檬施尿素不好原因是，香水柠檬的品种需要有较高的氮、磷、钾等营养元素，但是尿素在分解时可能会对土壤和植物造成伤害，并且过量施用时可能会导致酸化、污染等问题因此，建议选择专门的化肥进行施用，或者在施尿素时注意控制用量
好
香水柠檬施肥的重点是在果实膨大期和花发育后的秋梢期，可施用农家肥，生长期常施用尿素和磷钾肥。化肥施用应与水混合，每10天控制一次，每次用量应少一些。
