1、土壤施入法：钙镁微肥可做基肥、种肥或追肥施用，因其肥效长，可隔年施用。为节省肥料，提高肥效，通常采用条施或穴施方法。
2、拌种：用少量的水溶解钙镁微肥，然后喷洒在种子上，边喷边搅拌，使种子沾上一层肥料溶液，阴干后播种。
3、浸种：播种前进行浸种催芽处理，时间为12-24小时。
4、蘸根：在移栽农作物时，可采用蘸根方法施用钙镁微肥。
5、根外喷施：根外喷施钙镁微肥是最为经济有效的施用方法，以叶片的正反两面都被溶液沾湿为宜。
如果钙镁锌铁硼叶面肥与杀菌剂、杀虫剂混合施用，一方面会受到酸碱性变化的影响，有可能能出现钙、镁、铁三种营养元素的沉淀情况发生；
另一方面，由于农药的酸碱性难以判断，很可能造成锌、硼的稳定性破坏，也有可能影响到锌和硼的吸收效果；
最后就是由于农药稀释后会带有一定的颜色，即便是肥料中的元素出现拮抗、沉淀的情况也是很难发现的。
