申请动物防疫合格证需要做以下几个步骤：
1. 准备证明材料。申请动物防疫合格证需要提供的证明材料包括：动物产地合格证、动物检疫证明、动物疫苗接种证明、检疫处理证明等，需要根据不同情况逐一准备。
2. 到当地动植物检疫部门（通常为农业部门或畜牧兽医部门）申请。申请人需要将准备好的证明材料提交给动植物检疫部门，并填写申请表格。
3. 相关部门审核。动植物检疫部门会对申请人提交的证明材料进行审核，以确保动物自身健康和没有感染传染病。
4. 审核通过后颁发动物防疫合格证。审核和颁发证书的时间和程序会根据不同情况而有所不同，申请人需要耐心等待。
注意事项：
1. 申请人在填写申请表格时需要如实填写相关信息，否则可能导致证书被拒绝或撤销。
2. 动物防疫合格证在申请时需要缴纳一定的费用，费用数额会根据当地规定而不同。
3. 动物防疫合格证的有效期限定在一定的时间范围内，不同种类动物的有效期也有所不同，申请人需要确认有效期限并提前办理。
