亚甲基蓝对于水生动物具有一定毒性（亚甲基蓝对不同水生动物的毒性有所差异），当使用浓度增加至一定程度时，会引起水生动物大量死亡，因此在使用的时候，需要控制好亚甲基蓝的使用浓度，保证其在安全浓度范围内。据研究表明，亚甲基蓝对糠虾幼体的安全浓度为 0.029mg/L，对南美白对虾幼体的安全浓度为0.025mg/L，对高体鰟鲏等鱼类的安全浓度为0.96mg/L，对水丝蚓的安全浓度为2.64mg/L。
亚甲基蓝对于水生动物具有一定毒性（亚甲基蓝对不同水生动物的毒性有所差异），当使用浓度增加至一定程度时，会引起水生动物大量死亡，因此在使用的时候，需要控制好亚甲基蓝的使用浓度，保证其在安全浓度范围内。据研究表明，亚甲基蓝对糠虾幼体的安全浓度为 0.029mg/L，对南美白对虾幼体的安全浓度为0.025mg/L，对高体鰟鲏等鱼类的安全浓度为0.96mg/L，对水丝蚓的安全浓度为2.64mg/L。
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