元朝皇宫大内的位置也与故宫高度重叠。
1964年，中科院考古研究所在故宫内进行过小规模钻探。在文华殿和武英殿取出的土方证明，文华、武英两殿的东西平行线上，应是元朝皇宫的金水河。研究所又从景山和地安门桥等地所得资料证明，元朝皇宫的中轴线就是明清紫禁城的中轴线。
明清紫禁城的位置比元朝皇宫大内的位置偏南。比如现在的太和殿（明朝称奉天殿）坐落于元朝皇宫的崇天门（皇宫正门，相当于故宫的午门）位置上；现在的景山在元朝时期还是皇宫的一部分，当时景山下建有延春阁，是元朝皇后的寝宫。总体而言，明清紫禁城的大部分与元朝皇宫位置高度重合，尤其是中轴线没有任何变化。也就是说，元朝皇宫其实就在紫禁城的下面。
上都城坐北朝南，城垣平面呈正方形，边长2200米，四周有一道宽约20米的护城壕环绕，从外向里，由外城、皇城、宫城三重城组成。皇城在全城的东南，城墙夯土外砌砖石，东西各二门，南北各一门，每面墙长1400米。皇城正中偏北是宫城，东北角是华严寺，西北角是乾元寺，东南和西南二角亦各有一座庙宇。
宫城城墙夯土外包以青砖，东西宽570米，南北长620米，东、西、南三面有门。城内宫殿建筑各自成群，互不对称，有泉池穿涌其间，园林特色十分明显。
日前，故宫博物院考古研究所发布一组考古成果，其中包括在故宫的隆宗门西发现元代地层及元大内建筑物遗存，立刻引发广泛关注。壮丽富赡的元大内是否就在现存的紫禁城之下?
元大都宫城位置和中轴线在哪儿，学界一直没有定论
故宫是元明清三代的皇宫，关于北京的许多秘密层层叠压在宫殿之下。
“元朝在北京的统治时间比较短，不过80多年。元大都至少2/3都已经被叠压在明清的北京城下，面貌不清。上个世纪60年代，北京城的城市考古开始之后，考古学家结合考古材料与古代的地图和文献，逐渐把元大都城墙的位置确定下来，并最终落在了地图上。”故宫研究院考古研究所所长李季所说的考古学家，正是已故的徐苹芳先生。
元朝的皇城基本在现故宫的位置
