一、拌种、浸种
拌种，把微生物菌剂用少量清水稀释，将种子放入其中混合均匀后放置在阴凉处晾晒。
浸种，把微生物菌剂用少量清水稀释，将种子放置到其中浸泡约6-12个小时后播种。
拌种和浸种可以用于果树砧木的育苗。
二、蘸根、灌根
蘸根，把微生物菌剂用少量清水稀释，将洗去根部营养土的幼苗根部浸入到稀释液中，使其充分沾上菌液。
灌根，将经过蘸根的幼苗进行栽培，之后用剩余的菌液对其进行灌根培土。
三、基肥
基肥，可以与农家肥一起施用，效果更好。采用靠近根部埋施的方法进行施用。
深根性果树的施用深度应为40-60厘米，而浅根性果树的施用深度应为30-40厘米(根部果树根系长势适量增减深度)。
一般一棵果树施用0.5-1kg左右的菌剂(根据果树的大小适量增减用量)将其均匀撒入挖好的坑中;之后覆土掩盖浇透水即可。
四、施用微生物菌剂注意事项
在施用微生物菌剂时，应注意以下几点事情：
1.避免高温干旱或雨天施用，会影响菌的活性。
2.严禁与除草剂、杀虫剂以及杀菌剂等农药一起施用，会降低菌的活性甚至直接将有益菌杀死。
3.微生物肥料在果树种植中不仅仅能做基肥，还可以用来做追肥，效果也很棒。
