复合肥浓度较高，避免种子与肥料直接接触或种肥混杂使用。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5-10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
复合肥配比原料不同，应留意养分成分的使用。领域不同，品牌不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要依据泥土类型和作物品种选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶莱类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性泥土中施用。否则，将下降肥效，甚至毒害作物。
