一、颁发单位不同
养殖营业执照由地方工商行政管理部门颁发，包括营业执照、税务登记证、组织代码证三合一的。是整个中国的大、中、小企业、个体工商户、种植、养殖户都需要办理的。
养殖证是经兽医管理部门审查，符合动物疫病预防、控制、扑灭等条件批准后，发给的动物防疫条件许可凭证。只有获得该证后才能去工商行政管理部门申请办理登记注册手续，领取营业执照。
二、许可范围不同
营业执照是企业或组织合法经营权的凭证。《营业执照》的登记事项为：名称、地址、负责人、资金数额、经济成分、经营范围、经营方式、从业人数、经营期限等。营业执照分正本和副本，二者具有相同的法律效力。正本应当置于公司住所或营业场所的醒目位置，营业执照不得伪造、涂改、出租、出借、转让。
