莲藕与其它农作物一样，不宜连作，重茬种植最多不宜超过三年。一般莲藕长时间连作可引起多种生理性、真菌性病害。其中莲藕腐败病为害损失最重，该病原菌在环境条件适宜的情况下，可在土壤中存活7年之久。
病原菌可在藕田残留的茎叶上越冬，翌年侵染健全的地下茎，连作时间越长，田间病菌就越多。如果管理不当，传播面积会更广。一般莲藕在水稻田连作3年以上，连作后土壤偏酸结构变差，莲藕的产量就会逐年下降。
防治方法，更换新莲藕品种、或轮作换茬。一般进行轮作换茬，可采用多种种植模式。比较理想的模式有：早藕→晚稻→绿肥，早藕→红菜薹，早藕→水芹，早藕→荸荠，效果较好。可以减少土壤及病残体带菌。一般实行2～3年轮作，特别是水旱轮作，对减轻莲藕连作病害有着重要的防治作用。
