物理方法:更换鱼缸中的水,用软管按照虹吸的原理将水中的鱼屎连带着水一起吸出,然后补进尽量相近或同样的水,一般换去之前水的三分之一或一半,非必要情况不要使用“全换水”;也可以在鱼缸里装上电动过滤设备,接上电源,可以使其自动工作,过滤走水中大颗粒的杂物,但这需要及时的清洗海绵，布等过滤材料。
生物方法:在鱼缸里铺上一层底砂，比如大理石,黑晶沙,河沙或仙土等,然后种植一定量的水生植物,在鱼类放养密度不是很大的情况下,底砂和水草可以沉淀吸附鱼屎或者其他鱼类排泄物,水缸中的有益菌可以分解鱼类排泄物,水草可再次吸收利用有益菌的分解产物。如果鱼缸放养密度较大可以结合物理过滤的方法。
鱼的粪便沉底可以通过以下方法进行清理：
第一，清道夫喜欢以鱼缸里面的残食、污物为食，因此可以买一些清道夫，放在水中可以起到净化水质的作用。
第二，可以利用虹吸原理进行清理鱼缸底部的粪便，找一根粗细合适、两头均可以出水的软管，装满水以后按压住出水口，将一端伸入水底，将两端出水口松开，即可让鱼缸底部的粪便吸出
如果是草缸的话，里面的鱼粪主要是植物吸收、过滤系统过滤！
普通鱼缸主要是过滤系统过滤！
