云南农业大学建成3个国家级教学、科研和社会服务中心，即国家农科专业基础实验教学示范中心、国家农业生物多样性应用技术工程研究中心和国家普洱茶认证中心。建成6个省部级重点实验室和研究中心，即教育部农业生物多样性与病虫害控制重点实验室、云南省植物病理重点实验室、云南省动物营养与饲料重点实验室、云南省版纳微型猪近交系重点实验室、云南省滇型杂交水稻研究中心和云南省香料研究开发中心。
建成5个云南省高校重点实验室和研究中心，即作物种质资源创新与可持续利用、农业资源与环境和农业信息技术重点实验室，蜜蜂资源可持续利用和水资源与节水灌溉工程研究中心。
建成2个省级创新人才培养基地，即云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地、云南省环境科学与工程创新人才培养基地。学校还建有18个校级研究所（中心）、校内实验农场和实习工厂及59个校外实践教学基地。
