引起苹果果腐病发病的原因有多种，比如与农药使用不恰当，气候因素，以及一些意外因素而引起的，总起来都是造成苹果果实外表皮受害而引起的。
（1）选择了刺激性的农药，苹果果锈病最容易感染的时期是在苹果幼果期，因为这个时期刚形成果实的苹果外表皮非常嫩，稍有刺激性的药物刺激，都能引起苹果外表皮细胞木栓化形成果锈病。为了让苹果生长得更好，一般都采用套袋儿，以保护苹果幼果表面不受伤害，但在套果袋之前，一般需要喷洒三遍药，若是选择了含有刺激性强的杀菌剂，苹果幼果的表皮细胞就会受影响而木栓化。比如，苹果谢花后喷洒杀毒矾，退菌特，代森锰锌，以及含有代森类的药剂等。都会引起果锈病的发生。
