转基因的安全性分为以下几个方面
（1）基因生物与食物安全：
反方观点：反对“实质性等同”、出现滞后效应、出现新的过敏原、营养成分改变；
正方观点：有安全性评价、科学家负责的态度、无实例无证据。
（2）转基因生物与生物安全：对生物多样性的影响。
反方观点：扩散到种植区之外变成野生种类、成为入侵外来物种、重组出有害的病原体、成为超级杂草、有可能造成“基因污染”；
正方观点：生命力有限、存在生殖隔离、花粉传播距离有限、花粉存活时间有限。
（3）转基因生物与环境安全：对生态系统稳定性的影响。
反方观点：打破物种界限、二次污染、重组出有害的病原微生物、毒蛋白等可能通过食物链进入人体；
正方观点：不改变生物原有的分类地位、减少农药使用、保护农田土壤环境。
