三毛金藻藻色为茶水色，有些类似硅藻水色，但两者对水产养殖的作用却完全不同。硅藻为有益藻，能作为鱼虾的优质开口饵料，三毛金藻则是有害藻，其毒素可至鱼虾于死地
三毛金藻大量繁殖时，向水中分泌细胞毒素、溶血毒素和鱼毒素等五种毒素，可使鱼类和水生动物中毒死亡。养殖鱼类中鲢、鳙鱼最为敏感，其次是草、鲂、鲤、鲫、梭鱼等。三毛金藻中毒常给水产养殖单位造成很大的经济损失。所以要引起充分的重视，做好防治工作。
硅藻的生命周期比较长，所以硅藻水相对比较稳定，不易倒藻。硅藻一般都具有比较弱的运动能力，所以在一天中，水体的各项指标也会随着时间的推移有一定的变化，但是各项指标的变化量在安全范围内。在下午太阳最强的时候，藻类的光合作用最强，此时水体的pH值会稍微升高，氨氮和亚硝酸盐会下降，溶解氧会有所升高。此时应开增氧机搅水，防止中上层鱼虾发生气泡病。
相对绿藻来说，硅藻的净水能力比较弱，所以纯硅藻水的自动净化能力弱，比如南美白对虾高密度精养池塘，中后期水体是褐色或深褐色，甚至没有透明度，此时水体的自净能力远远不足，所以需要经常大量换水和排污，将残饵粪便和死藻杂质排出去一部分，以维持水体各项指标在正常安全范围内
