枯草芽孢杆菌首先不是农药，是菌肥。一般情况下，微生物菌剂中就会含有枯草芽孢杆菌。枯草芽孢杆菌主要是抑制其它有害菌的生长，只能起预防作用，没有治疗作用。
微生物菌剂是不建议和大量元素水溶肥混用的。因为大量元素水溶肥，含量特别高，在使用时浓度也比较大，容易在小范围内造成菌类无法大量繁殖而失去作用。
枯草芽孢杆菌多数都是在苗期使用。枯草芽孢杆菌，一般载体都是氨基酸类的肥料，这样在苗期使用，可以促进根系生长。移栽以后苗期根系很弱，所以用氨基酸可以促进根系生长。微生物菌可以在小范围内大量繁殖，增加苗小苗的抗病能力，增加小苗的成活率。
水溶肥多数都是以提供养分为主。枯草芽孢杆菌和水溶肥最好不要混合使用，即使在后期使用，交替使用效果最好。很多农户在种植过程中，也会把微生物菌剂，叶面喷雾防病。其实这样效果并不好，只是氨基酸在起作用，菌类失去了生长的环境，就会迅速死亡。
