1、选用抗病品种
生产上可以选择科顿、科莱、庆阳90、祥云100、紫御70等花菜品种，对于根肿病有较好的抗性。
2、合理轮作
与非十字花科蔬菜实行3年以上轮作，与水稻轮作要注意提高畦面。
3、土壤管理
一是偏酸的土壤应在种植前施用生石灰（每亩施100-150公斤），做好酸碱度的调节；二是70%五氯硝基苯粉剂800倍液（每亩2.5公斤）拌细土，结合整地施用，以起到土壤消毒的效果。
4、清除病残体
发现病株立即拔除，收菜也时应彻底清除病根，然后进行集中销毁。另外，注意清除杂草，尤其是十字花科杂草，可有效控制根肿病的传播和传染。
5、药剂防治
发病初期，可用70%五氯硝基苯可湿性粉剂800倍液，或50%托布津可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液灌根，每株用药液300毫升。
