杀菌剂常见的使用方法主要有三类。
（1）针对田间地上作物喷药 要注意掌握喷药的时期，喷药时期一般由病害的发生规律决定（一般在病害发生前或初期施药）；还要考虑到作物的生育期，
很多病害的发生都是与作物的某一生育阶段相联系；作物各生育期对杀菌剂的耐受力不同。
药剂种类的选择决定于病害类型，如小麦白粉病、锈病可选三唑醇、三唑酮等。药剂的种类选定后，还要根据作物种类及生长期、杀菌剂的种类和剂型、环境条件等选择合适的施用浓度，
一般农药使用说明书都有推荐使用浓度，可以按说明书使用，但最好还是根据当地植保技术部门在药效试验基础上提出的使用浓度进行施用。
（2）土壤消毒 用药剂消毒土壤，切断病害的初侵染源。可采用浇灌法、密闭熏蒸法、药土法等。棉花枯萎病、黄瓜枯萎病等土壤传播的病害除了可以用浸种或拌种法防治以外，还可以采用土壤消毒法防治。
（3）种苗消毒 是对种子、果实、块根/茎、插条、秧苗、苗木或其他繁殖器官的化学药剂处理。如浸种、拌种、种子包衣等。
