蔬菜在水培条件下安全越冬所需要的温度条件与土壤栽培(人造介质栽培)所需要的温度是一致的。水培蔬菜属不耐寒性花卉，生长适温一般为18℃25℃，当气温降至10℃以下时，有些蔬菜生长停滞，叶色失去光泽；低于5℃大多数观叶植物会受到不同程度的伤害叶边焦枯、老叶发黄、萎蔫脱落，甚至死亡。
在没有调节环境温度的设施及能力时，不妨选择对温度适应范围较宽的蔬菜，另外，可用废弃的泡沫塑料板，按照水培器皿外形尺寸的大小切割后，拼接粘合，将器皿包裹起来。室温低于10℃时，在水培花卉上覆盖旧报纸、塑料薄膜，或将水温提高到18℃或25℃都有很好的效果。
冬季室温低于10℃时，大多数水培蔬菜为适应恶劣的气候条件处于休眠或半休眠状态。此时应停止施用蔬菜水培营养液，只用自来水，并按时换水(换水时适当掺入一些温水，使水温保持在18～25℃左右)，清洗植株的根系，保持器皿清洁。一般10～15天更换一次新水，若水质清纯洁净，植株长势健壮，没有烂根，15～20天乃至30天更换一次也不会影响其生长。对那些仍处于缓慢生长的水培蔬菜，可10－15天施用一次营养液，以促使其健康生长。
