DNA分子遗传标记原理比较简单。依据多态性的检测手段，分子标记可分为三大类：
a.基于传统Southern杂交技术的分子标记如限制性内切酶片段长度多态技术(RFLP)；
b.基于多聚酶链反应(PCR)的分子标记(PAPD)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、任意引物PCR(AP-PCR)、DNA扩增产物指纹(DAF)等；
c.PCR-RFLP技术的结合即AFLP技术。依据在基因组中出现的频率，又可将分子标记分为低拷贝序列和重复序列，重复序列包括串联重复和散布重复。
DNA分子遗传标记技术具有快速、微量、特异性强的特点，且不受生长发育阶段、供试部位、环境条件的影响，已在中药鉴定学研究中展示了良好的应用前景，并保持强劲的发展势头。
