1、芸豆的基肥宜用迟效性的腐熟堆肥，不宜用太多氮肥做种肥，以避免烂种。通常亩用优质有机肥1000—1500千克加入微生物菌肥1—2kg。通常施入深度8—10厘米。
2、追肥芸豆需肥中等，按“基肥为主、追肥为辅”的原则追肥。幼苗时薄施氮肥，随植株增长恰当加大浓度。通常亩施复混肥10—15千克，微生物菌肥0。1—0。
2kg随水冲施。
3、根外追肥盛花期和终花期用尿素、硫酸铵、过磷酸钙浸出液等联结金宝贝粉剂型微生物菌剂（0.5kg／亩）进行叶面喷施。通常亩用尿素1—2千克、磷酸二氢钾1—2千克，加水40—50公斤喷雾。
农村自家种植芸豆，都爱使用自己沤制的土肥，作物基肥使用，效果也是相当的不错，除了土肥之外，也可以选择使用复合、混肥料，如15-15-15含硫复合肥等诸多肥料作为基肥。
芸豆施底肥为了增加有机质,建议底肥使用生物有机肥+微生物剂+少量复合肥。复合肥不宜用得太多，使用微生物制剂。种植芸豆时，如果在茬内种植了其他作物，则必须在洞中施用微生物杀菌剂，因为施用后，微生物杀菌剂都集中在芸豆根系周围，利用率高，使用成本低；如果作物未在茬中种植，则可将生物有机肥复混肥施回地面，然后在洞内施用微生物杀菌剂。选择好芸豆后，可以在施用基肥后直接种植/播种，然后开始浇水，生根，完成芸豆的基肥工作。合理施用基肥，可使芸豆早期生长良好。
