1. 防止水蜈蚣的孳生：清理池塘及周围杂草，减少水藻长势，移除垃圾和废物，打孔排水，换水等方法可以减少水蜈蚣的繁殖。
2. 捕捉：可以使用专用的诱捕器或放置灯光在水面，将水蜈蚣诱出水面后再用捕捉器将其捕捉。
3. 物理灭除：用水枪、扫帚、网等物理方法将水蜈蚣从水面上打下来，然后再用其他工具进行击打和捕捉。
4. 化学灭除：使用专业的水产品杀虫剂，溶解在水中，达到灭蜈蚣的效果。但是这种方法需要注意用量和作用范围，避免对周围环境造成污染。
5. 生物控制：可以引入一些天敌如草鱼等其他水生物，以减少水蜈蚣的数量，以及控制其繁殖速度。
