单干整枝。这个方法适用于大型西红柿植株。就是在每个植株只留下一个主干，把其它所有的侧枝都陆续摘除，一般每株留五到七个穗果时可以打头。摘心时，在最后一个穗果上留两三片叶子，否则会严重影响最顶部穗果的正常生长，甚至会造成落果和落花。
双干整枝。这种方法适用于樱桃西红柿品种。就是在单干整枝的基础上，再选择另外一个作为第二主枝，即结果枝。或者在苗期直接将主干摘心，选取两个侧枝作为两个主干，其它的侧芽摘除，留下两三片叶子。
整枝注意问题。整枝注意选择好时间，西红柿植株地上部分和根系有着相互促进的关系，过早整枝会影响根系生长。打杈时，不留桩，不带主枝上过多的皮，尽量减少伤口面。打顶摘心应该在晴天上午十点到下午三点进行，有利于伤口愈合。
最后，整枝后要注意伤口密封性，避免感染，整枝后及时施肥和浇水，同时做好病虫害防治工作，可以喷洒一些药剂进行预防。所以整枝留几个头，需要根据植株品种选择，大型植株品种最好采用单干整枝，樱桃品种西红柿最好采用双干整枝。
