挖回的带泥荸荠应先放在干净的室内，最好能在地上垫一层砖或木板，摊晾10～20天，待表面水分自然风干后，清除泥土及杂物，剔除伤果、烂果和病果等，再进行贮藏。贮藏的方法，视数量的多少，可采用缸藏、箱藏或室藏的办法。
贮藏前，应做好缸、箱、室的消毒工作。
室藏的库房要求干燥密闭，先打扫干净，堵好鼠洞后再行消毒，然后将荸荠堆入室内即可，堆的高度要求在一米左右为宜。
如有条件，可在地上垫一层木板或塑料薄膜，再铺一层10厘米细沙或细碎土，然后放一层10厘米左右的荸荠，再盖一层5厘米的沙或细土，如此一层沙土一层荸荠进行堆放，最后在上面盖上一层10厘米左右的沙子或细土，高度在1～1.3米。
也可用砖砌成池，把荸荠按上述堆放的方法，堆在池中。在贮藏期间，要求做到定期检查，发现霉烂或鼠咬等应及时处理。
