一、防高温蒸苗
洋葱苗在其生长过程中对棚内温度的要求较高。洋葱幼苗出齐后要适当控制温度，尤其是夜间严格控制温度可控制幼苗徒长。刚出苗不久的幼苗耐高温能力较弱。一般洋葱苗期的白天大棚温度控制在15～20℃、夜间8～12℃。尤其是苗齐后一定要注意控温、通风以防高温蒸苗。
二、防低温冻苗
洋葱出苗多在立春前后。虽天气回暖且育苗全在温室、拱棚内，但甘肃河西走廊易发生“倒春寒”天气，极端低温天气对葱苗影响较大，尤其要叮嘱温室户主，一定要操心收好风口、盖好帘子以防低温冻苗。
三、防药肥伤苗
在洋葱育苗过程中肯定会喷(冲)施农药、或化肥。但适时、适量施用质量好、对症对路的药、肥是关键。若施用不当也会发生伤根、烧叶问题，直接影响洋葱幼苗的正常生长发育。促进根系发育、预防根腐病可冲施甲霜·恶霉灵+络氨铜等。防冷冻、促生长、育壮苗可交替叶面喷施甲霜·恶霉灵+生根壮苗剂。
四、防苗病害苗
洋葱苗床病害主要有猝倒病、根腐病。这两种病害是洋葱育苗期间最为重要的病害。早预防、早救治是有效控制苗床猝倒病、根腐病，培育无病壮苗的关键。
