红薯苗杀菌的最佳方法主要是基于农业的绿色防治思想，避免对环境造成污染。以下是几种红薯苗杀菌的方法：
1. 多参考红薯苗种植技术，采用合理的土壤消毒方法，用优质的良种红薯苗生产，保证苗的质量，从而预防及降低红薯苗病害的发生。
2. 进行药剂喷洒。在红薯苗生长的过程中，可用氢氧化钾、波尔多液等药物喷洒红薯苗，并遵循药剂施用剂量、施药时间及农药残留等规范。
3. 使用微生物杀菌剂。可采用枯草芽孢杆菌、链球菌、贝腐菌等微生物杀菌剂。使用微生物杀菌剂，能够更好地达到防治病害和保护环境的目的。
4. 使用生物制剂。生物制剂是由微生物、动植物等在天然基质中固定生长，生长周期长，通过增强泥土环境中有益微生物的数量，以抑制病原微生物对红薯苗的侵害，增强植物自身的内在免疫力，从而达到杀菌的目的。
需要提醒的是，对于任何一种杀菌方式，都需要采用适当、规范的方法，并且考虑到杀菌剂对人体及环境的不良影响，避免过度或不当使用杀菌剂，维护生态环境的平衡。
