早先的发酵床养猪是利用自然环境中的生物资源，一般是采集土壤中的多种有益微生物，对其进行选择、培养、检验、扩繁，形成有相当活力的微生物母种，再按一定比例将母种、锯木屑、辅助材料、活性剂、食盐等进行混合、发酵形成有机垫料，经常补充这些微生物的养分，不仅成本高且非常麻烦，而且存在菌种单一（主要是放线菌），床面容易板结，垫料消耗大，需要不断添加垫料，并不能消毒等缺点。现在已经改成人工菌种，如使用活力99生酵剂等，但各菌种成本不一，市场上一般菌种售价都较高。以制作10米2面积发酵床为例：如果自己野外采集，成本大约需要百元，但十分繁琐麻烦，不易操作，时间需要1个月左右；使用一些厂家现成生产的菌种，一般需要80～260元；而使用活力99生酵剂可能是目前最廉价的，且操作非常简单，10米2面积使用成本不到30元，是目前扩展最快的产品之一。
