常用的登记注册的微生物农药有：杀虫剂：苏云金芽孢杆菌、棉铃虫NPV 、银纹夜蛾NPV 、斜纹夜蛾NPV、黏病毒 、小菜蛾病毒、草原毛虫NPV、蟑螂病毒；杀菌剂：亚宝、力宝、地衣芽孢杆菌、假单胞菌、荧光假单胞菌、蜡质芽孢杆菌、木霉菌；植调剂：增产菌、枯草芽孢杆菌。常见的微生物可以有效地防治棉铃虫、斜纹夜蛾、小菜蛾等害虫和一些真菌、细菌病害。
微生物农药使用时应注意：①要避免施用时温度过低。生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25～30℃，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在10～15℃的高出1～2倍。②要避免在干燥的天气下施用。最好选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。③要避免强太阳光。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点以后或者阴天施用，发挥效果更好。④要避免施用后遭大雨冲刷。芽孢最怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。⑤要避免与杀菌剂混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。但作为一种活体真菌，如果与杀菌剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。
在我国，发展和使用生物农药有多方面的意义。首先，在新农药开发方面，生物农药相对于化学农药较为容易。筛选一个新的化学农药的几率只有二万分之一，而生物农药的成功率是五千分之一；化学农药的开发周期是生物农药的3倍，开发费用是生物农药的40倍。
其次，生物农药具有选择性强，对人、畜和天敌安全，对自然生态环境安全等优点。大多数生物农药靶标专一，有些作用方式是非毒杀性的，对人、畜及各种有益生物比较安全；生物农药的有效成分完全存在或源于自然，因此，它对环境的兼容性好、无污染；生物农药的作用机理特异，有害生物不易产生抗药性。
一些生物农药品种（昆虫病原真菌、昆虫病毒、昆虫微孢子虫、昆虫病原线虫等），具有在害虫群体中的水平或经卵垂直传播能力，在野外一定的条件之下，具有定殖、扩散和发展流行的能力。不但可以对当年当代的有害生物发挥控制作用，而且对后代或者翌年的有害生物种群起到一定的抑制，具有明显的后效作用。
另外，生产生物农药可利用天然可再生资源（如农副产品中的玉米、豆饼、鱼粉、麦麸或某些植物体等），原材料的来源十分广泛。因此，生产生物农药一般不会产生与利用不可再生资源（如石油、煤、天然气等）生产化工合成产品争夺原材料的矛盾，有利于人类自然资源保护和永久利用。
但是，生物农药在开发、生产和使用方面也存在着一些问题：①有些生物农药有效活性成分复杂，质量难以控制；②生物农药的有效成分多是一些生物体或稳定性差的物质，产品的质量保证期短；③外界环境的温度、湿度、光照等对生物农药的影响较大，对生产、加工、储运和使用的要求较严格，由于环境条件的不同，在使用时常出现防治效果不稳定、时好时差的现象；④与化学农药相比，大部分生物农药防治效果较为缓慢；⑤生物农药品种专一性强，对其他有害生物的兼治性较差。
