养殖场废水处理的难点在于需要反硝化处理，常用的生化工艺有活性污泥法、生物膜法、厌氧好氧组合工艺、艾柯水产养殖废水水解酸化好氧组合工艺。固液分离后的鸡粪污水好氧处理是可行和有效的。如果是规模比较小的养殖场，可以采用水解酸化与好氧处理相结合的方法。
另外大部分含氮化合物被氧化成硝酸盐，其余部分留在表土层，另一部分渗入地下，久而久之会污染地下水源。这时我们可以采用以生化为主，生化和物化相结合的处理工艺来处理养殖场废水。
畜禽养殖业废水中含有较多的氮、磷、钾等成分，如果未经任何处理排放会给土壤和农作物的生长造成不良的影响。如引起作物徒长、返青、倒伏，使产量大大降低，推迟成熟期，影响后续作物的生产等。废水中的大量有机物质在土壤中不断累积也会导致一些病原菌大量滋生引起病虫害的发生。此外，大量有机物的积累也会使土壤呈强还原性，而强还原性的条件不仅影响作物的根系生长，而且易使土壤中原本处于惰性状态的有害元素得到还原而释放;大量无机盐在土壤中的积聚则会引起作物的盐害。
