①喷头或滴灌头嘴堵塞是一个重要问题，必须施用可溶性肥料。
②两种以上的肥料混合施用，必须防止相互间的化学作用生成不溶性的化合物，如硝酸镁与磷、氨肥混用会生成不溶性的磷酸铵镁。
③灌溉用水以中性为宜，如碱性强的水能与磷反应生成不溶性的磷酸钙，多种金属元素的有效性会降低，严重影响施用效果。
灌溉是补充农作物正常生长所需水分的重要手段，施肥是促进农作物生长发育和稳产高产的必要措施，将灌溉与施肥结合起来，以达到节约成本同时又能促进作物增产的目的，就是时下得到了人们密切关注的水肥一体化技术。在使用这项技术时，需要农民朋友留意以下几点注意事项。
一、灌溉系统的建立。在设计时，要充分的考虑到土壤质地，作物的种植方式、地形和水源等基本因素，管道系统的布置，深度、宽度都是需要考虑的。至于灌水的方式，一般采用灌溉、喷灌、微喷灌、渗灌，小管出流等等。特别需要注意禁忌大水漫灌。
二、肥料的选择。通常选用肥料的形态是液体或者固体，如氨水、硝铵、硫酸钾、硝酸钾等肥料；固体的以粉状或小块的为首选，要求水溶性强，杂质少，不用颗粒状复合肥（包括中外产品）；在试用沼液或腐殖酸液肥时，为了避免管道堵塞，必须经过过滤。
三、整体系统的操作。
1、肥料的溶解：肥料溶解率要在99%以上，液态肥可以不搅拌，固态的肥料需要搅拌成液肥，灌溉前要将水肥溶解液中的有机沉淀物过滤出去，以免引起灌溉系统的堵塞。
2、施肥量的控制：在施肥时，肥液的浓度大约是灌溉流量的0.1%。比如灌溉流量为50立方米/亩，注入肥液大约为50升/亩。比例需要严格掌控，过量的施用会使作物致死和污染环境，对土壤也是一种损害。
3、水肥一体化的程序有3步：首先选用不含肥的水湿润系统和土壤，第二步水肥灌溉，最后再用不含肥的水清洗灌溉系统，以免肥料在系统管网中残留引起的肥料堆积和微生物滋生，进而造成灌溉系统堵塞，无法正常运转。
