一、农药对水环境的污染
农药对水体的污染是多方面造成的：为防治水体害虫向水体直接喷洒的农药；空气中飞机喷洒农药时，一部分会落到水中；漂浮于大气中的农药随尘埃或雨水落入水体；农田喷洒的农药，会进入灌溉水中；植物或土壤附着的农药，经水冲刷或溶解进入水体；在河边洗涤施药工具，使农药进入水体；农药生产的工业废水或含有农药的生活污水污染水体等。
二、农药对土壤的污染
农业生产不管采用哪种施药方法，都会使大量农药进入土壤。如农药拌种播种等是土壤农药污染的直接来源。而喷撒的农药，粉剂（喷粉使用）只有10%落在地表，约有5%—30%的药剂漂浮在空气中，喷雾使用的农药大约80%落入土壤中，并且由于风吹雨淋和重力作用，附着在作物上和空气尘埃的农药还会部分的落在地上，农作物残枝落叶和动物残体中蓄积的农药也转入土壤中，进一步加剧了土壤的农药污染，从而危害农业生产。
土壤对农药吸附作用的大小，与土壤特性密切关联，并且农药本身性质也影响着吸附作用。如大多数农药对有机质表面比对矿物质表面有较大的亲和力，易被吸附。
三、农药对大气的污染
对大气的污染主要来自农药喷洒。
一是喷洒农药时药剂微粒漂浮天空中或被漂浮的尘埃所吸附，在气流的作用下，可漂移到数里远的地方；
二是喷洒到作物表面的农药被蒸发进入空气中；
三是土壤表面的农药向大气挥发扩散。此外，农药厂排出的废气、风对干燥土壤的吹扬、日照高温对污染水体的蒸发等，也可将农药带入空中，造成大气污染。
四、农药对环境生物的影响 农药可以抑制土壤生物活动，特别是在长期施药的情况下，造成土壤无脊椎动物，尤其是对控制腐生菌和食草性生物的繁殖的捕食者的毒害作用，而由于这些无脊椎动物能从土壤中摄取农药，并在体内富积，使得以这些无脊椎动物为食的动物，将其体内的农药继续累积，以致达到致死或影响其正常生活的含量。
使用农药也会对害虫天敌产生伤害，从而削弱了克制害虫自然因素的作用，破坏了生态平衡，因此造成害虫更加猖獗，不得不增加用药量和施药次数，以至形成恶性循环。如稻田中青蛙是多种害虫的主要天敌，而田中施用甲六粉，2天后未见成蛙，幼蛙和蝌蚪几乎100%死亡，蛙卵也被严重破坏，孵化率仅30%。这无疑破坏了青蛙对害虫的生态控制。
化肥农药对环境的影响
（1）农药残留超标现状。近年来，农药残留超标的事件屡见不鲜。农药残留超标不但影响国内的农产品销售，还严重影响出口贸易。国际社会拒绝不健康和有危害的食品进入市场。我国已发生了“茶叶出口”、“大葱出口”农药残留严重超标等事件。尤其是我国加入世贸组织以后，农产品出口面临着以环保和农药残留问题为中心的各种“绿色壁垒”。农产品农药残留超标，就会被拒之国门外，影响出口贸易。以盛产苹果著称的陕西省、以生产蔬菜闻名的山东省和传统的茶叶出口大省浙江，近年来因农药残留超标问题在国际市场上频遇红灯，使众多农民叫苦不迭，损失惨重。
（2）农产品农药残留超标的主要原因。农产品生产者缺乏科学使用农药的知识，片面追求产量而导致盲目、超量使用农药是目前农药残留超标的主要原因。施用高毒、禁用农药是造成食用者中毒的主要原因。高毒、高残留农药因其在农产品上使用后，毒性强，不易分解，残存时间长，造成对环境和农产品的污染，对人体健康产生不良影响，被国家列为禁用或在部分农作物上限用。2003年农业部对全国21个省23个县市的1099个农户进行的调查显示，90%的农户选购农药时优先考虑防治效果；80%农户随意丢弃废农药包装物和剩余农药；大多数农户未按安全间隔期规定采收。
目前，我国农产品的质量标准尚在初级阶段。同时，许多新的食物种类和新的农药、兽药和化学品不断投入使用，食品安全标准的制定以及与国际接轨存在滞后效应。
我国农药残留测定技术与国际先进技术已较为接近。美国食品药品管理局（FDA）的多残留方法可检测360多种农药，德国可检测325种农药，加拿大多残留检测方法可检测251种农药；而我国也开发了同时测定上百种农药的多残留快速分析技术。
由于农药的不合理使用、残留超标等问题引发的食品安全危机已经引起全世界的高度关注，在国际贸易中，以欧盟为代表的一些发达国家和组织对食品安全标准的要求也在不断提高，检测项目越来越多，检测手段越来越先进，检测技术指标越来越严格。我国加入世贸组织后，农副产品和食品的出口贸易正在经受严峻的挑战。我国人口众多，各地发展不平衡，食品安全状况与发达国家相比存在较大差距，形势严峻。我们应正视我国食品安全的现状，随着我国科学技术水平的不断发展，食品安全科技投入的不断加大，市场监督管理得到加强，全社会的食品安全意识不断增强，必将逐步建立与国际接轨的食品质量安全标准体系。
随着化肥农药等化学合成物质作用于农业生产中可以使农业生产能力得到极大提高增加农产品产量给农民带来更多收入，然而过度使用化肥农药不仅会引发食品安全问题土地也会受到不同程度污染。农药化肥等不合理使用导致农业耕地污染不断加剧，我国农业的化肥和农药使用量占全球总量30%以上，并且利用率过低造成土地土壤酸化盐化和板结导致地力下降，重金属硝酸盐等有害物质污染土壤甚至是水和空气，最后破坏了生态环境同时也会导致农产品质量下降。合理使用化肥农药是对土壤没有破坏的，但是滥用化肥农药肯定会对土壤造成一定的破坏。比如长期大量使用化肥会造成土壤板结还会加快土壤盐碱化，长期大量使用农药对土壤的破坏更加严重，农药残留会长期对土壤产生污染，肥料分有机肥和化肥两种，土壤里氮磷钾的成本是植物生长的条件，如果完全使用化学肥料土壤有机质必然得不到补充导致土壤板结，再就是化肥里有各种重金属成份如果土壤缺少有机肥分解重金属，会使农作物果实吸附这些有害的重金属，人食用重金属超标的农产品对身体伤害很大尤其是镉砷铅这几种致癌的重金属。
