抗菌肽产业是一个新兴的高科技生物工程和生物技术产业。由于早期生物工程方法不完善，抗菌肽的提取极为昂贵，限制了在医药、农业、工业上的应用。随着转基因技术的进一步发展，现已可以使用工程细菌或酵母菌进行抗菌肽的大量生产，但其核心技术仅被为数不多的科学家和公司掌握。其市场应用广泛，在农业上，可用于饲料添加剂，并且适合各种动物的饲养；医药上，可以作为优秀的抗菌素替代品，也被认为是将来能克服癌症、艾滋病很有希望的药物；工业上，可以作为绿色防腐剂；人类生活上，可作为保健品与抗菌物的替代品。
在2007年6月中国科技部发布的有关饲料用抗菌肽产业化的招标指南中曾提到“针对饲料用抗菌肽国内外尚未有规模化生产的现状,建立饲料用抗菌肽分子改良、高效表达及发酵生产技术, 开发出饲料专用抗菌肽新产品。” 抗菌肽的应用在兽药和饲料添加剂领域，己经取得的研究结果表明，抗菌肽完全具备替代抗生素的能力。
