甲鱼池塘消毒方法有：一、漂白剂等药物是一种很好的消毒剂，它被放入水中，水生生物化学会产生化学物质。然后这些东西会产生某种生态氧气，这种氧气非常善于杀死细菌，我们需要根据池塘的大小来控制漂白剂的数量。想要全面,甚至洒在池塘里,这些漂白剂粉没有使用时间应注意密封,不能与空气接触,因为它很容易分解,而且还对人体有一定的伤害,所以必须注意做好漂流时的保护。
二、用生石灰进行消毒，它是池塘消毒最好的产品之一养殖户们必备的一种消毒用品，它能杀死野生的生物丶病原菌和细菌等。除此之外还可以改善池塘水的水质，能够起到直接施肥的作用。生石灰的抛洒范围和面积可以广泛一点，选用的生石灰最好是没有杂质的块灰可以直接使用，个人比较倾向于生石灰消毒利大于弊。
三、生石灰加上茶粕，先把池塘里面的水通过排水系统排出来，然后再池塘底部挖上好多个小坑把生石灰放进去再加入热水让它熟化。让生石灰和池塘底部的淤泥能够充分混合在一起，之后引入清澈的水再倒入茶粕进行消毒。消毒时间3-5天，这样做的目的可以起到良好的清塘消毒效果，并且十分安全没有药物残留。不过这样消毒时间太长，如果养殖户想要保证完全安全的消毒可以用这种方式。待养殖池药性消失后，开始放养。
在投放甲鱼种时，应利用药物进行浸洗甲鱼体，杀死寄生体表上的寄生虫和病菌。这是预防甲鱼病，提高甲鱼种成活率的有效措施。常用的消毒方法：1、用3～4%的食盐水浸泡5分钟左右。2、用8ppm硫酸铜和10ppm漂白粉混合液，水温在10～15℃时浸洗25分钟左右。3、用30ppm高锰酸钾溶液浸泡20分钟左右。
一般采用专门针对水产养殖的二氧化氯消毒剂。
在选择消毒剂时，主要考虑选择对病原体的杀灭力强，对鱼虾毒性小无损害，消毒物体易溶于水
除藻的话，选择过硫酸氢钾片
