龙眼的病害主要有龙眼鬼帚病、炭疽病、霜疫霉病等，炭疽、霜疫霉病防治方法可参考荔枝。
龙眼鬼帚病是主要病害之一，病梢丛生、嫩叶不能伸展、防治方法：(1)培育无病良种苗木；(2)防治传病媒介昆虫，注意防治蝽蟓、龙眼角颊木虱等；(3)及时剪除病树、病穗；(4)加强管理，提高植株抗病力。
龙眼花果期虫害防治主要有以下几个时期：
(1)在龙眼花穗抽生期，花穗经常受蛀梢虫类(如荔枝蒂蛀虫、荔枝尖细蛾、龙眼亥麦蛾等)和咀嚼式虫类为害，可在3月上旬(惊蛰前后)，用敌敌畏乳剂喷药一次杀虫。
(2)在龙眼开花前(3月下旬)，用敌百虫倍液，或用
是灭百可喷杀越冬荔枝蝽蟓若虫。
(3)在龙眼果实种子充实后，荔枝蒂蛀虫对果实为害较严重。若做虫情测报，在成虫羽化高峰期喷药保果效果最好。一般在成虫羽化率达40%和80%时进行两次喷药防治。在没有虫情测报的情况下，可在5月下旬、6月上旬、7月上旬各喷药一次，收果前15天左右喷药一次防治。常用药剂有：喹硫磷乳油、乐斯本、灭百可等菊酯类农药。
