水分是药用植物生长发育的必需条件之一。土壤水分不足时，药用植物发生萎蔫，轻则减产，重则死亡；水分过量，引起茎叶徒长，延迟成熟期，甚至使根系窒息死亡。故灌溉与排水是调节植物对水分要求的重要措施。一般控制土壤水分的原则是：土壤含水少而药用植物需水多时，应注意灌水；土壤含水多而药用植物需水量少时应注意排水。灌溉时间须根据当地的气候、土壤和植物生长情况而定。苗期在注意浇水抗旱保证全苗的前提下，通常宜节制用水，促进根系下扎，以利培育壮苗；植株封行以后到旺盛生长阶段，耗水量增大，不能缺水；花期对水分要求较严，过多常引起落花，过少则影响授粉受精作用；果期在不造成落果的情况下，可适当偏湿一些；接近成熟期应停止灌水。水生植物也应根据不同的生长发育期和需水条件不同而进行适当的灌水和排水。
灌溉的方法很多，有沟灌、畦灌、喷灌和滴灌等，一般多采用畦灌和沟灌。夏季灌水，因土温高，宜在清晨或傍晚进行。旱生药用植物的灌水时间不能过长，一般灌到土壤已经充分湿润时即应排水。盐碱成分过高和有害废水不能用于灌溉。灌水次数也因药用植物种类和天气降雨情况而定，一般在药用植物生长期中进行多次灌水。灌溉水温和土温不能相差太大；在地下水位高、土壤潮湿、田间有积水时，应及时排水。
