农业合作社水稻种植是免征增值税的，但将水稻加工成大米则不免增值税，小规模纳税人需要按不含税销售额的3%缴纳增值税，不需要缴纳营业税。此外，农业合作社种植水稻并加工大米的所得免征企业所得税。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(2009年1月1日起施行)规定：农业生产单位和个人销售自产的初级农产品可以免征增值税，包括种植业、养殖业、林业、牧业和水产业。
第八十六条 企业所得税法第二十七条第（一）项规定的企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税，是指：
（一）企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：
1．蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；
2．农作物新品种的选育；
3．中药材的种植；
4．林木的培育和种植；
5．牲畜、家禽的饲养；
6．林产品的采集；
7．灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；
第十五条 下列项目免征增值税： （一）农业生产者销售的自产农产品； （一）企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：1．蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；2．农作物新品种的选育；3．中药材的种植；4．林木的培育和种植；5．牲畜、家禽的饲养；6．林产品的采集；7．灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；8．远洋捕捞。种植合作社应该是免税的，不过必须经过税务机关批准。
