不同季节，喷药时间应有所区别。
一般来说，在夏秋高温季节，农药施用的最佳时间应选在晴天上午9时左右和下午4时以后。上午9点左右，一般露水已干，温度还不太高，同时又是病虫活动最旺盛的时间，此时用药效果好；下午4时以后，光线渐弱，温度渐低，夜出性害虫(粉虱、蓟马)开始活跃，在这个时候喷药，同样有较高的杀菌灭虫效果。
而在冬春低温季节，农药施用时间在下午2：30至3：30为宜。因为冬春季节，棚内温度低，上午叶片露水退去后，光合作用逐渐进入高峰期，若在上午喷药势必会影响温度的提高，降低光合效率，所以上午也不宜用药。
切忌在晴天中午喷药。因为中午喷药时，棚内温度较高，高温容易促进药剂的分解和药物有效成分的挥发。另外，农作物在炎热的天气下，生命力会变得旺盛，叶子上气孔开放多而大，如若此时喷上药剂后，药剂容易侵入到作物体内，以致受药害的几率大大增加。此外，中午喷药时，药剂的化学活性也会变强，农药的毒性也变大了，极易发生施药人员中毒事故。
