1、用途不同
化肥：施肥不仅能提高土壤肥力，而且也是提高作物单位面积产量的重要措施。化肥是农业生产最基础而且是最重要的物质投入。
农药：农业上用于防治病虫害及调节植物生长的化学药剂。
2、分类不同
化肥：学肥料分为速效肥、缓效肥、长效肥。土壤用肥、叶面用肥等。
农药：按用途主要可分为杀虫剂、杀螨剂、杀鼠剂、杀线虫剂、杀软体动物剂、杀菌剂、除草剂、植物生长调节剂等。
3、危害不同
化肥：化肥都是由各种不同的盐类组成，所以长期和大量施用这些由盐类组成的肥料，当肥料进入土壤后，就会增加土壤溶液的浓度而产生不同大小的渗透压，作物根细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致作物受害。
农药：农药流失到环境中，将造成严重的环境污染，有时甚至造成极其危险的后果。
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