在大量和高浓度使用农药时，固然消灭了一些害虫，但也同时杀伤了许多有益昆虫，影响了以这些昆虫为生的鸟、鱼、蛙等生物，破坏了自然界的生态平衡，使过去未构成严重危害的病虫害大量发生。此外，农药的不当使用也可以直接造成害虫迅速繁殖。另外，在农药生产、施用量较大的地区，鸟、兽、鱼、蚕等非有害生物伤亡事件也时有发生，这进一步加剧了对生态环境的破坏。
农药使用后相当一部分漂浮在空气中被尘埃吸附扩散到外地或大气中，由于微粒小，在空气中不易降落，有时会被雨水淋洗降落到地面。
大气中农药污染的程度因地而异，在喷药地区的上空，大气中农药含量高于其他地区。温室中喷洒农药后，空气中浓度更高，浓度高达9.5毫克／米3。
（2）农药对土壤的污染田间使用农药后大部分落入土中，这是造成土壤污染的主要原因。使用浸种、拌种、毒谷、毒饵等用药方式将农药直接洒入土壤中，造成土壤污染程度更大。
一般农药对土壤的污染程度决定于农药的施用次数、用药量和农药化学性质的稳定性。
用药次数多，用药量大，稳定性高的农药，在土壤中残留时间长，对土壤污染严重；相反，用药次数少，稳定性差，易降解的农药污染程度轻。
不同土壤类型中农药残留程度也不一样，黏质土比沙质土残留时间长，有机氯农药在水田中残留时间短，在旱田中残留时间长。
农药残留主要集中在0～20厘米的表土层，随土层深度增加，农药残留程度降低，50厘米以下几乎检测不到残留农药。
（3）农药对水体的污染农田喷洒的农药及农药厂排放的“三废”可以通过农田灌溉、土壤淋溶、雨水冲刷等途径流入江河湖泊、水库、地下水源，造成水质污染，影响农业生态环境和人体健康。
美国在使用DDT农药10年后，所有的主要河流都受到了污染。我国各主要河流中也不同程度受到了农药污染。
（4）农药对农蓄产品的污染农药在使用过程中通过直接附着在植物表面和对环境的污染以及生物间转移浓缩残留于农蓄产品中。
各类食品中六六六、DDT污染比较普遍，动物性食品污染程度高于植物性食品。植物性食品污染程度：植物油>粮食>蔬菜>水果。
化学农药对农蓄产品的污染，家养动物高于野生动物；猪肉高于牛、羊肉；鸭肉高于鸡肉。在植物食品中，小麦>稻米>玉米；花生>大豆；粮食>蔬菜。
