1.申请使用设施用地的申请人向审批单位提出申请；2、国土员现场勘查，核实是否符合土地利用总体规划；3、报上级国土局审查；4、由上级国土局审批。农业生产经营者需申请设施农用地的，应拟定设施农业建设方案，内容包括项目名称、建设地点、用地面积，设施类型、数量、用地规模等，与土地所有者集体经济组织和土地承包经营权人签订用地协议。
养殖用地不用申请。国土资源部制定的《全国土地分类》和《关于养殖占地如何处理的请示》规定：养殖用地属于农业用地，其上建造养殖用房不属于改变土地用途的行为，占用基本农田以外的耕地从事养殖业不再按照建设用地或者临时用地进行审批。应当充分尊重土地承包人的生产经营自主权，只要不破坏耕地的耕作层，不破坏耕种植条件，土地承包人可以自主决定将耕地用于养殖业。乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘。畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求。符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。
各省关于设施农业用地的规定
1.设施农业用地包括农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地。其中，作物种植设施用地包括作物生产和为生产服务的看护房、农资农机具存放场所等，以及与生产直接关联的烘干晾晒、分拣包装、保鲜存储等设施用地；畜禽水产养殖设施用地包括养殖生产及直接关联的粪污处置、检验检疫等设施用地，不包括屠宰和肉类加工场所用地等。
2.设施农业属于农业内部结构调整，可以使用一般耕地，不需落实占补平衡。种植设施不破坏耕地耕作层的，可以使用永久基本农田，不需补划；破坏耕地耕作层，但由于位置关系难以避让永久基本农田的，允许使用永久基本农田但必须补划。养殖设施原则上不得使用永久基本农田，涉及少量永久基本农田确实难以避让的，允许使用但必须补划。设施农业用地不再使用的，必须恢复原用途。设施农业用地被非农建设占用的，应依法办理建设用地审批手续，原地类为耕地的，应落实占补平衡。
《中华人民共和国土地管理法》第九条
国有土地和农民集体所有的土地，可以依法确定给单位或者个人使用。使用土地的单位和个人，有保护、管理和合理利用土地的义务
设施农用地可以划分为生产设施用地、附属设施用地和配套设施用地。
（一）生产设施用地是指在设施农业项目区域内，直接用于农产品生产的设施用地。包括：
1、工厂化作物栽培中有钢架结构的玻璃或PC板连栋温室用地等;
2、规模化养殖中畜禽舍（含场区内通道）、畜禽有机物处置等生产设施及绿化隔离带用地；
3、水产养殖池塘、工厂化养殖池和进排水渠道等水产养殖的生产设施用地；
4、育种育苗场所、简易的生产看护房（单层，小于15平方米）用地等。
（二）附属设施用地是指直接用于设施农业项目的辅助生产的设施用地。包括:
1、设施农业生产中必需配套的检验检疫监测、动植物疫病虫害防控等技术设施以及必要管理用房用地；
2、设施农业生产中必需配套的畜禽养殖粪便、污水等废弃物收集、存储、处理等环保设施用地，生物质（有机）肥料生产设施用地；
3、设施农业生产中所必需的设备、原料、农产品临时存储、分拣包装场所用地，符合“农村道路”规定的场内道路等用地。
附属设施用地规模不得超过标准，其中进行工厂化作物栽培的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模5%以内，但最多不超过10亩；规模化畜禽养殖的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模7%以内（其中，规模化养牛、养羊的附属设施用地规模比例控制在10%以内），但最多不超过15亩；水产养殖的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模7%以内，但最多不超过10亩。
（三）配套设施用地是指由农业专业大户、家庭农场、农民合作社、农业企业等，从事规模化粮食生产所必需的配套设施用地。包括：晾晒场、粮食烘干设施、粮食和农资临时存放场所、大型农机具临时存放场所等用地。
配套设施用地规模需要严格控制。南方从事规模化粮食生产种植面积500亩、北方1000亩以内的，配套设施用地控制在3亩以内；超过上述种植面积规模的，配套设施用地可适当扩大，但最多不得超过10亩。
（四）规范设施农用地类型。对于农业生产过程中所需各类生产设施和附属设施用地，以及由于农业规模经营必须兴建的配套设施，包括蔬菜种植、烟草种植和茶园、橡胶园等农作物种植园的看护类管理房用地（单层、占地小于15平方米），临时性烤烟、炒茶、果蔬预冷、葡萄晾干等农产品晾晒、临时存储、分拣包装等初加工设施用地（原则上占地不得超过400平方米），在不占用永久基本农田的前提下，纳入设施农用地管理，实行县级备案。
