以菌抑菌，池塘中的菌相优良可以抑制有害细菌的繁殖，如弧菌，防止大闸蟹因有害菌繁殖产生的各种疾病；净化池塘生态环境，如芽孢杆菌可以分解池塘底部的有机质等； 形成生物絮团，同样可以作为大闸蟹的天然饵料；通过分解有机质可以促进藻类的生长。
保持生态平衡
1?、过度的消毒：过度的消毒将会导致池塘中的菌、藻死去过多，消毒的目的是为了杀灭有害菌、病毒但是很多水产养殖户朋友没有意识到无论好菌坏菌全部杀灭，严重的破坏了生态平衡；有害菌大量繁殖造成大闸蟹细菌感染发病。
2、?杀虫：杀虫同消毒一样，不仅仅杀虫还会破坏生态环境。
3、?藻种单一：培养单一的藻种带来的结果就是倒藻，有经验的养殖老师傅会告诉你茶褐色的水好，这个水色就是绿藻和硅藻中和一起的颜色。
4、?菌相单一：同藻种单一一样：池塘当中的菌类分工不同，但目的都一样为池塘的正常生态系统的维持提供源源不断的动力。
藻类是真菌吗?
1 藻类为养殖动物提供氧气和良好的环境
养殖动物的生存离不开氧气的供应，藻类的光合作用为养殖动物的存活和生长代谢提供了充足的氧气。藻类在一定程度上能净化养殖水质，有研究表明硅藻和绿藻具有吸附有害物质、保持水质“爽、活”的作用，可用来构建优良藻相，从而达到改善水质的目的。在西施舌幼贝养殖中引入固定化微藻后发现，实验组水体中的氨氮和亚硝酸盐明显低于对照组；有文献也报导了底栖藻类对水体中的氮、磷有明显的去除效果；稳定的波吉卵囊藻和微绿球藻不仅可以提高水中的溶氧含量，还能降低水中的氨氮、亚硝酸盐等有害因子的浓度，从而达到净化污水和保持良好水环境条件的作用。
藻类的生长繁殖有改善底质的作用，生活在底层的藻类其光合作用可为底泥中的细菌提供氧气，促进其分解底泥中的有机质，从而间接地改善底质。另外，藻类的繁殖可消耗底泥中过多的氨氮，从而净化底质。
2 藻类为养殖动物提供饵料
藻类特别是微藻含有丰富的蛋白质和氨基酸，是很好的蛋白质来源。有研究表明，螺旋藻的粗蛋白含量高达69.3%，且氨基酸的种类齐全，且由于其细胞壁纤维素含量很少，其所含蛋白质很容易被动物消化吸收。微藻的脂肪含量也很高，检测得到20种微藻脂肪含量大都超过15%，其中金藻门的含量一般均在20%以上。且所含的脂肪酸中有很大一部分为多不饱和脂肪酸，它们是许多水产养殖生物幼体存活和发育的必需脂肪酸，如硅藻门含有丰富的二十碳五烯酸（EPA），金藻门含有丰富的二十二碳六烯酸（DHA）。藻类还含丰富的维生素和微量元素，如生物素，叶酸，钙、镁、铁、锰、铜和锌等，它们是参与养殖动物的新陈代谢中许多酶的辅助因子。
3 藻类可在一定程度上增强养殖动物的抗病能力
有研究表明在凡纳滨对虾养殖水体中引入波吉卵囊藻和微绿球藻，发现对虾的血细胞数目、血清蛋白含量以及酚氧化酶、超氧化物歧化酶、溶菌酶、抗菌酶的活性都较对照组有显著提高。对小球藻的研究表明：小球藻中含有的小球藻生长因子能激活淋巴细胞，增强水生动物机体免疫能力。
藻类的生长可抑制致病菌的生长，从而间接地提高养殖动物抗病能力。研究认为，微藻由于体积小，生长迅速，与水中不良微生物竞争可优先占得生态空间，从而抑制不良微生物例如弧菌的滋生，提高养殖动物免疫力；另一方面，藻类能产生抗生素类物质，可以杀死水中的致病菌，提高养殖动物的免疫力和抗病力。
4 藻类对养殖动物的危害
有些藻类的生长繁殖是对养殖动物有危害的。研究发现一些甲藻（裸甲藻、飞燕角甲藻）在繁殖过程中，可产生多种神经毒素，引起养殖鱼体的神经麻木、代谢失调及呼吸障碍，严重时可导致死亡。水体中的青泥苔（即双星藻科的水绵、双星藻和转板藻等丝状绿藻的总称）和水网藻大量繁殖时，因消耗水体中的养分使水质变得清瘦，也可导致养殖鱼类特别是苗种被缠绕致其呼吸困难或者无法摄食而死亡。养殖鱼塘三毛金藻中毒的鱼体，大多停留在四角及浅水池边，头朝岸边整齐排列，在水下静止不动，无浮头现象，受到惊吓也没有反应；观察死亡鱼体，可见鱼体体表鳍基部充血，鱼体后部颜色变浅；鳃内有大量粘液，鳃丝轻度腐烂；解剖鱼体后发现其肠道无食，无明显病灶。
有的藻类其死亡后分解会产生有害物质，如微囊藻死亡后，其蛋白质分解产生的有毒的羟胺和硫化氢会毒死鱼类。此外，藻类如若大量繁殖，然后迅速衰败，死亡的藻类会在底部不断积累，其腐烂分解会消耗水中大量的氧气，使水体特别是底部严重缺氧，对养殖动物造成不利的影响。
!藻类不是
真菌（fungus；eumycetes）是具有真核和细胞壁的异养生物。种属很多，已报道的属达1万以上，种超过10万个。其营养体除少数低等类型为单细胞外，大多是由纤细管状菌丝构成的菌丝体。低等真菌的菌丝无隔膜，高等真菌的菌丝都有隔膜，前者称为无隔菌丝，后者称有隔菌丝。在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是含有甲壳质，其次是纤维素。常见的真菌细胞器有：细胞核，线粒体，微体，核糖体，液泡，溶酶体，泡囊，内质网，微管，鞭毛等；常见的内含物有肝糖，晶体，脂体等。
真菌通常又分为三类，即酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌），它们归属于不同的亚门。
大型真菌是指能形成肉质或胶质的子实体或菌核，大多数属于担子菌亚门，少数属于子囊菌亚门。常见的大型真菌有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等。它们既是一类重要的菌类蔬菜，又是食品和制药工业的重要资源。
