良好的农田生态系统是无公害农产品生产的基础。通过人为的综合运用和协调环境、植物等因素，使果树生育条件优化，最大限度减少化学物质对农产品及环境的污染，尤其是生产过程中的自身污染必须加以控制，使农田生态环境得到恢复和优化。
果品生产中的病虫、草害应坚持预防为主的方针。综合防治是减少果园病虫、杂草危害，降低化学农药污染的基本原则。所谓预防为主、综合防治，就是贯彻以农业防治为基础，充分调动自然因素和植物本身对病虫草害的控制和抵抗能力，优先使用生物防治技术，科学合理地使用高效、低毒、易降解的农药，减少化学农药的用量及施药次数。同时要重视有机肥施用，采用平衡施肥与诊断施肥，使化肥的投入、产出合理化，减少化肥的浪费与污染，使水果产品质量达到国家标准规定的指标，把农田环境中有害物的残留积累降到最低限度。
采用生物农药或无公害农药取代高毒、高残留农药是杜绝农药污染的重要途径。但目前尚无法完全做到，而采取一些措施减少农药残留污染还是可行的。如注意农业生物物理措施的综合防治技术，通过改善果园的生态环境条件，为害虫天敌的繁殖创造良好环境；在果园周围减少或不栽种与果树有相同病虫害的树种，如苹果树、梨树园的周围最好不种杨树、刺槐、松柏等；积极开展农业防治、生物防治、物理防治，保持果园清洁，减少病虫发生的基数；尽可能选用抗病虫品种；引进种苗加强检疫，严格控制外来有害生物进入基地；合理调整果树的负载量，避免大小年发生。
果品生产中另一类污染源就是化学肥料。我国是世界上化肥施用量最多的国家之一，年平均每公顷农田达到378千克，而且施用化肥比例极不协调，重氮肥轻磷钾肥，化学氮肥过量施用导致果品和土壤中积累过多的硝酸盐。土壤有机质含量少，土壤保肥性能差，未被利用的养分通过径流、淋溶、反硝化、吸收和侵蚀等方式进入环境，从而污染水体、土壤和大气。在果品生产过程中，应合理确定氮肥用量、施用亚硝酸抑制剂，降低果品摄入硝酸盐及亚硝酸盐的量，减少对人体危害。在无公害果品生产中要提倡施用有机肥、腐殖酸类肥料和微生物肥料等。果树株间、行间可种植和施用绿肥，提高果园土壤肥力、减少化肥用量。
果树生产中应用化学控制技术造成的残留物也会给无公害果品生产带来新的问题。在果树结果期，为了促进果实膨大，常用6-BA（6-苄基腺嘌呤）、KT-30、4PV-30（二苯脲类）等细胞分裂素类的果实膨大剂；为提高坐果率、打破果树休眠期、增加果实着色、提早上市而普遍使用一些赤霉素、乙酸、生长素、乙烯利等植物激素；为了促进芽分化也常喷施多效唑等化学品，此类植物生长调节剂，目前在国内正在作为生产上不可缺少的化控或催熟技术措施大量使用、甚至滥用。此类化学品中不少也会在果品累积残留，对人体健康产生不良影响。
因此，无公害果品的生产中一定要慎用化学控制技术，植物生长调节剂也应严格选优去劣。
果品产后流通环节，也要注意防止化学品的污染，以免降低果品的品质。防止污染的主要措施有：尽量减少使用化学品保鲜储藏；严禁使用含有工业“三废”的污水或含有疫原菌的生活废水漂洗、浸渍果实，形成二次污染；不能使用对人体有害的塑料薄膜或霉变、不干净的包装箱装载果品；在运输上市过程中，不能与有毒、有害、异味品混装；储藏场所应卫生清洁，无各种污染源，以确保果品安全、卫生、无污染。
