牡丹江大学有九个学院，分别是外语学院，经贸与管理学院，动画学院，医护学院，信息与电气工程学院，财会与金融学院，建筑工程学院，传媒与艺术学院，智能制造学院。
牡丹江大学学院设置齐全，可以为学生提供多元选学空间。近年来，学校深入推进产教融合，紧紧围绕产业群建设专业群，坚持“课堂小企业，理实交融；企业大课堂，德技兼修”的教育理念，创新并实践“校企融合、项目带动、双轮职训”的高职人才培养模式，着力培养市场短缺、企业需要的高技能人才。
牡丹江的大学排名第一的是牡丹江师范学院,排名第二的是牡丹江医学院,排名第三的是黑龙江农业经济职业学院。
牡丹江师范学院2022年在全国排名第549位，学校简称牡师院，位于黑龙江省牡丹江市爱民区，是国家级语言文字规范化示范校、黑龙江省东南部地区教师教育研究中心、基础教育研究中心和继续教育培训中心。
学校占地面积68.35万平方米，校舍建筑面积32.60万平方米，设有20个二级学院，开设有本科专业58个。
师资力量：
学校现有教职工1226人，其中专任教师789人，专任教师中教授、副教授394人，具有博士、硕士学位712人，享受国务院及省政府特殊津贴7人。
学校现有党政管理机构19个，二级学院20个，本科专业58个，硕士学位授权一级学科8个，硕士学位授权二级学科（方向）36个，专业硕士学位类别3个（涵盖18个领域），学科专业覆盖工学、理学、农学、法学、文学、教育学、历史学、经济学、管理学和艺术学等10个门类。
