各种微生物都由蛋白质组成，加热灭菌可以使蛋白质凝固从而达到杀死微生物的目的。加热灭菌经济有效，简便易行，可分为干热灭菌和湿热灭菌两种。 1、火焰灭菌是直接利用火焰反微生物杀死的方法，它中适用于金属制的工具，玻璃器皿口等物品的灭菌。
2、干热灭菌是利用热空气进行灭菌的方法。灭菌温度140℃—160℃，时间2—3h，它只适用于金属及玻璃器皿的灭菌。电热干燥箱是干热灭菌常用的设备。 1、高压蒸汽灭菌 利用高温高压蒸汽灭菌，是一种最有效、使用最广泛的灭菌方法。蒸汽压力与温度成正比。高压灭菌所采用的蒸汽压力与时间，应根据具体物质而定。
高压灭菌锅的形成与规格较多，有立式、卧式、手提式，能源用电、蒸汽、煤等。
使用高压蒸汽灭菌锅应注意以下几点：
①灭菌锅内的冷空气必须排尽；②灭菌锅内的基质排列一定要稀疏些。使蒸汽流运畅通；③灭菌时升压和降压要缓慢；④灭菌过程应注意保持棉塞干燥。
2、常压蒸汽灭菌法 这是利用自然压力的蒸汽灭菌的方法。可用土蒸锅，蒸茏等灭菌。由于常压，温度较高压的低得多，故灭菌时间要长。其优点是结构简单、成本低、便于自制，适宜于家庭制种。 1、低温消毒法（巴氏消毒法）一些不耐高温的食品，如牛奶、果子酒、酱油等，需要低温消毒，加热到60℃维持30min，即可杀死食品中的病原菌及多数细菌营养体。
蘑菇培养料的后发酵，就是采用巴氏消毒法，杀死有害于蘑菇的病虫杂菌。
2、沸水消毒法 主要用于针筒等器材的消毒，将有关的器材置沸水中烧煮一定时间，以杀死微生物的营养体。
3、化学药剂消毒法 这是利用化学药剂进行杀菌的方法。杀菌剂的种类及使用浓度：
①重金属盐类：所有的重金属盐类对微生物都有素害作用，如硝酸银、氯化汞等。
②氧化剂：常用的氧化剂有高锰酸钾、过氧化氢、漂白粉、漂白精等，常用的高锰酸钾溶液浓度是0.1%，氯气自来水清洁剂浓度为1ppm，漂白精浓度为400ppm。
③、有机化合物：甲醛（福尔马林）5%甲醛溶液用于种子表面消毒，原液可用于接种箱、培养室、栽培室等空间消毒，熏蒸用量6—10ml/cm3。
新洁尔灭：0.25%新洁尔灭溶液可用作皮肤、种子消毒。
4、干燥消毒利用干燥使微生物失水，达到杀菌或抑菌的目的，称为干燥消毒。食物、药品等经过适当干燥，便可长时间保存，蘑菇干片即是。
5、渗透压消毒利用高渗透压杀菌或抑菌的方法称渗透压消毒。在高渗溶液中，微生物细胞由于脱水，质壁分离，不能正常进行新陈代谢而死亡，盐水蘑菇就是利用这一原理制成。
1、食用菌袋栽生产线
不同品种的菌袋规格不一样，装袋生产线的区别主要就在于装袋机的不同，要根据自己的实际情况进行选择，最近几年中国食用菌袋栽生产线设备自动化程度大幅度提高，基本可以实现自动套袋、自动套环、自动盖盖、自动接种、自动上下架等。
2、食用菌瓶栽生产线
食用菌瓶栽生产线自动化程度非常高，可以选择的情况下一定要选择瓶栽方式，瓶栽生产线的规格主要在于使用培养瓶的大小，瓶栽生产线设备主要来自韩国和日本，这几年瓶栽生产线的价格下降了很多，但这部分投资占整个瓶栽工厂整体投资的比重并不大。
3、菌种生产设备
这部分的设备比较繁杂，小型灭菌锅、超净工作台、试验台、显微镜等，如果是液体菌种工艺还需要有气源系统、发酵罐等，菌种是食用菌生产的重中之重，泽海菌业建议在有条件的情况下，菌种生产设备尽量选择中等以上水平的品牌和厂家。
4、灭菌锅
因为灭菌时间长的原因，现在很少使用常压灭菌锅的了，高压灭菌锅分为圆锅和方锅两种，圆锅的特点是比较节能，而方锅的特点是方便进出，大型食用菌工厂一般都选用方形灭菌器，方形灭菌器本身不能加热，需要配备蒸汽锅炉。
5、净化工程
净化，已经成为食用菌工厂化生产离不开的设备了，冷却室、接种室、菌种室等都必须采用净化工程，这是食用菌工厂化生产的核心，试想一下如果没有净化，还在用大量的药物熏蒸，还能称之为食用菌工厂化吗？
6、制冷设备
制冷设备是用来降低培养室或者出菇房温度的，以达到为食用菌生长提供最合适温度的目的，特别是一些低温出菇的食用菌品种，如金针菇、杏鲍菇等对制冷设备的要求就更高，制冷设备分为单机组和中央空调，现在新建大型食用菌工厂一般都采用中央空调的制冷模式，在节能上有明显优势。
7、加热设备
只有北方的食用菌工厂才需要加热设备，食用菌工厂化生产的加热方式有很多种：空调加热、暖气片、地热、电加热等，这几种加热的方式各有优缺点，暖气片和地热比较节能，但是没有空调和电加热容易控制温度。
8、加湿设备
培养室和出菇房都需要加湿器，目的是增加菇房的空气相对湿度，食用菌工厂化生产常用的是超声波加湿器，超声波加湿器效率高，雾化效果好，超声波加湿器对水质有很高的要求，水质不合格会影响超声波加湿器的工作效率和使用寿命。
9、光照设备
一般只有出菇房需要安装光照设备，食用菌工厂化生产的光照设备不是指普通的车间照明，而是指在出菇期间为了满足食用菌对光照的需求增加的光照，一般采用冷光光源，如金针菇和杏鲍菇广泛使用的led光带，虽然只是一个光的问题，但是这部分的投资也是比较高的。
