隶属不同，成立时间不同，博士培养不同。
首都体育学院是北京市属唯一高等体育院校。北京体育大学是全国重点院校，国家，211工程重点建设大学，并已成功入选国家首批双一流建设高校名单，具有光荣的办学历史，深厚的文化底蕴和扎实的办学基础，在国内外享有盛誉，隶属国家体育总局。北京体育大学成立于1953年，原名中央体育学院，1956年更名为北京体育学院，1993年更名为北京体育大学。首都体育学院始建于1956年，原名北京体育学校。1960年3月，经北京市人民政府批准，改建为北京体育师范学院，成为本科院校。1962年7月并入北京师范学院。1979年2月，恢复北京体育师范学院。2000年5月，经国家教育部批准，更名为首都体育学院。首都体育大学，2003年经教育部批准，学校开始与福建师范大学联合培养博士，2012年经国务院学位委员会批准，学校成为国家特殊需求博士人才培养项目单位，并于2013年开始独立培养博士学位研究生。北京体育大学学校以本科教育为基础，研究生教育为重点。学校拥有体育学一级学科博士学位授予权及马克思主义理论，教育学，心理学，临床医学，公共管理5个一级学科硕士学位授予权，设有体育，艺术和新闻与传播3个专业硕士学位以及体育学博士后科研流动站。
北京体育大学是全国体育类大学中的唯一一所重点大学，在2005年进入了国家211工程，是一所集训练，教学，科研为一体的国家重点大学。北京体育大学隶属于国家体育总局，是一类本科大学，他的体育教育，运动人体科学专业都是国家重点学科。首都体育学院隶属于北京市教委，是二类本科大学。
首都体育学院和北京体育大学区别
北京体育大学是双一流大学，在全国基本上也是第一批次招生，所以我们通常认为北京体育大学是一本大学。（注：自2019年开始，北京本科一批、二批合并为本科批）
北京体育大学（英文译名为BEIJING SPORT UNIVERSITY，英文简称为BSU），简称北体大。学校校址为北京市海淀区信息路48号，主管部门是国务院体育主管部门。学校是全国重点院校、国家“211工程”重点建设大学、国家首批“双一流”建设高校。
北京体育大学成立于1953年，原名中央体育学院，1956年更名为北京体育学院，1993年更名为北京体育大学。22005年，学校进入“211工程”重点建设院校行列，2017年9月，学校入选国家首批“双一流”建设高校名单。
截至2023年4月，学校占地面积75.5万平方米，建筑面积约41万平方米，共拥有室内外训练场馆近100个。设有4个学部，25个学院，拥有41个本科专业，其中国家级一流本科专业建设点14个、省级一流本科专业建设点8个。设有1个一级学科博士学位授权点，7个一级学科硕士学位授予点，6个硕士专业学位授权点。拥有在校学生13000余名，专任教师852人。
首都体育学院和北京体育大学区别如下：
首都体育学院和北京体育大学都是专门为运动科学、教练员培训和体育教育等方向的高等院校，而两个院校之间也有着很多明显的差别。
1、从历史渊源上来看
首都体育学院创建于1953年，是北京市唯一的体育类本科高等院校，由北京市人民政府和国家体育总局共同创办，这也使得首都体育学院可以得到更好的政治和社会资源支持。
而北京体育大学则是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，创建于1953年，是中国著名的体育大学之一。
2、在学科设置和发展方面
两个院校也有着较为显著的区别。首都体育学院的教育目标是培养高素质的体育人才，目前设有8个硕士学位授权类别，涵盖了冬季运动科学、健康体育与休闲管理、体育人文社会学等众多学科领域。
而北京体育大学则是以研究生教育和科学研究为主，学科专业齐全，涵盖了人体科学、运动训练学、社会体育与体育管理等众多领域。此外，北京体育大学的学科建设已经形成以体育医学、运动人体科学、健康与运动为特色的优势学科群。
3、在师资力量方面
首都体育学院与北京体育大学也有着不同的构成和特点。首都体育学院拥有一批高水平的世界冠军、国内知名教授、博导团队以及业务能力强、德育水平高的教学团队。1992年至今共获得国家级教学成果奖5项，其师生成功参加了多届奥运会赛事。
而北京体育大学的师资力量则主要来源于国内外知名的学科专家、教授和博士后，南北方结合的教学模式有利于发挥各种优势，从而构建了具有国际竞争力的教授团队。
4、在校园文化和教育环境方面
首都体育学院和北京体育大学也有所不同。如首都体育学院校园建设注重生态环境的保护和创新，全校设有多个运动连续剧团、合唱团以及其他文艺团队，形成了一种融合了体育、艺术和人文的浓郁文化氛围。
而北京体育大学则更多关注学生素质教育和多彩校园文化建设，其“五四晚会”、“立德讲坛”等社会实践和公益项目广受师生欢迎。
