001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南） 013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场） 043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小) 048 外交官杀人事件（上集） 049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复) 054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死) 057 福尔摩斯迷杀人事件（上集） 058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份) 128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面） 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场） 130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系) 170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场） 171 黑暗之中的死角 （下集） 176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场) 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场） 188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团 189 危命的复活_负伤的名侦探 190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活_黑衣骑士 192 危命的复活_新一回来了 193 危命的复活_约定的场所 226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场） 227 格斗游戏的陷阱（下集） 230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂） 231 谜一样的乘客（下集） 242元太的灾难（提到GIN是左撇子) 258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场） 259 来自芝加哥的男子（下集） 269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南） 270 犯罪的遗物 （下集） 271 急忙掩饰的忽略（上集） 272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急） 277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德） 278 英语教师VS西部名侦探（下集） 279 迷宫的阴暗（上集） 280 迷宫的阴暗（下集） 286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。） 287 工藤新一纽约事件（推理篇） 288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。） 289 迷途森林的光彦（前篇） 290 迷途森林的光彦（后篇） 307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴） 308 无声的证据（后篇）（下一集的引子） 309 与黑暗组织的接触（交涉篇） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇） 311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 330金钱买不到的友情（下集） 335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来） 336 东京现影所的秘密（后篇） 338 四辆保时捷（前篇） 339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇） 341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言） 343 便利店的陷阱（前篇） 344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑） 345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光） 346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后） 347 寻找P股上的印记（后篇） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归） 362 帝丹高中的学校怪谈（后篇） 374 星星和香烟的暗号（前篇） 375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县） 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲) 386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲) 387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向） 425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起） 429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场） 430 无法回到从前的两人(后篇) 462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意） 463 黑暗组织的影子 奇妙的照明 464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） 491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看） 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑） 507 卡拉OK包房的死角（前篇) 508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一） 509 红白**与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样） 510 柯南VS W暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 521 杀人犯 工藤新一 522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复） 523 真正想问的事 524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果） 542 让鱼儿消失的一角岩(前篇) 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原） 563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物578 召唤危机的红色预兆 579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑） 580 紧迫黑色的时限 581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功）
灰原哀出场：
★129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 130 竞技场无差别胁迫事件（前篇） 131 竞技场无差别胁迫事件（后篇） ◆135 消失的凶器搜索事件 136 青色古堡探索事件（前篇） 137 青色古堡探索事件（后篇） 138 最后上映的杀人事件（前篇） 139 最后上映的杀人事件（后篇） ◆140 SOS！步美传达的讯息 146 本厅刑事恋爱物语（前篇） 147 本厅刑事恋爱物语（后篇）（末尾的一个镜头） 156 本厅刑事恋爱物语2（前篇） 157 本厅刑事恋爱物语2（后篇） ◆165 少年侦探团消失事件（柯南的想象中） 2000年 ★174 二十年后的杀机 圣佛尼号连续杀人事件（一个镜头） 176 与黑暗组织的再会（灰原篇） 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） ◆182 九道门大搜索 188 危命的复活 洞窟中的侦探团 189 危命的复活 负伤的名侦探 190 危命的复活 第三种选择 191 危命的复活 黑衣骑士 192 危命的复活 新一回来了 193 危命的复活 约定的场所 194 意味深长的八音盒（前篇） 205 本厅刑事恋爱物语3（前篇） 206 本厅刑事恋爱物语3（后篇） 212 蘑菇、熊和侦探队（前篇） 213 蘑菇、熊和侦探队（后篇） 2001年 223 人鱼又再度哭泣（推理篇）（浮想的一个镜头中） ◆225 生意兴隆的秘密 230 谜一样的乘客（前篇） 231 谜一样的乘客（后篇） 233 无法消失的证据（前篇） 234 无法消失的证据（后篇） 242 元太少年的灾难 246 陷入网中的谜团（前篇） 247 陷入网中的谜团（后篇） 258 来自芝加哥的男人（前篇） 259 来自芝加哥的男人（后篇） 2002年 266 情人节的真相（事件篇） 269 犯罪的纪念品（前篇） 270 犯罪的纪念品（后篇） 276 警察手册遗失事件◆ 277 英语教师VS西部名侦探（前篇） 279 迷宫的阴暗（前篇） 280 迷宫的阴暗（后篇） 289 迷途森林的光彦（前篇） 290 迷途森林的光彦（后篇） ◆294 爱与决心的粉碎（前篇） ◆295 爱与决心的粉碎（后篇） 301 恶意与圣者的行进（前篇） 302 恶意与圣者的行进（后篇） 2003年 ★304 震动的警视厅 1200万人质 309 与黑暗组织接触（交涉篇） 310 与黑暗组织接触（追击篇） 311 与黑暗组织接触（决死篇） 十年后的柯南和哀312 染上夕阳的布偶（前篇） 313 染上夕阳的布偶（后篇） 329 金钱买不到的友情（前篇） 330 金钱买不到的友情（后篇） 335 东都显影所的秘密（前篇） 336 东都显影所的秘密（后篇） 338 4台保时捷（前篇） 339 4台保时捷（后篇） 340 厕所隐藏的秘密（前篇） 341 厕所隐藏的秘密（后篇） 343 便利店的陷阱（前篇） 2004年 ★345 与黑暗组织直面对决！满月之夜的二元神秘事件 346 寻找P股上的印记（前篇） 347 寻找P股上的印记（后篇） ◆348 爱与幽灵与地球遗产（前篇） ◆349 爱与幽灵与地球遗产（后篇） 358 本厅刑事恋爱故事5（前篇） 359 本厅刑事恋爱故事5（后篇） 361 帝丹高中学校怪谈（前篇）（出现在柯南回忆里） 366 显而易见的码头惨剧 （前篇） 367 显而易见的码头惨剧 （后篇） ◆373 巨毒蜘蛛的陷阱 374 星星和香烟的暗号（前篇） 375 星星和香烟的暗号（后篇） ◆376 限时15时 2005年 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲) 390 本厅的刑事恋物语6（前篇） 391 本厅的刑事恋物语6（后篇） 394 怪屋大冒险（封印篇） 395 怪屋大冒险（操纵篇） 396 怪屋大冒险（解决篇） 398 奇妙一家的委托（前篇）（一个镜头） 401 宝石抢匪现行犯（前篇） 402 宝石抢匪现行犯（后篇） ◆403 不可思议的天使之馆（前篇） ◆404 不可思议的天使之馆（后篇） 411 神社鸟居之惊悚暗号（前篇） 412 神社鸟居之惊悚暗号（后篇） ◆414 追逐蓝色小鸟的少年侦探团 ◆418 米花町阁楼的房屋 421 银杏色的初恋（前篇） 422 银杏色的初恋（后篇） ◆423 侦探团与青虫4兄弟 2006年 ★425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间 427 充满神秘的上学之路（前篇） 428 充满神秘的上学之路（后篇） 435 以侦探团为焦点的专访（前篇） 436 以侦探团为焦点的专访（后篇） 443 叹气拾潮（前篇） 444 叹气拾潮（后篇） 453 因缘与友情的试映会 454 颠倒的结尾（前篇） 455 颠倒的结尾（后篇） 2007年 460 1年B班大作战 466 分不开的雪人（前篇） 467 分不开的雪人（后篇） ◆468 池塘边的奇怪事件(出现很少） 472 少年工藤新一的冒险（前篇） 473 少年工藤新一的冒险（后篇） 476 元太的必杀射门（前篇） 477 元太的必杀射门（后篇） ◆478 真实的30分钟 481 山姥的刀（前篇） 482 山姥的刀（后篇） ◆483 消失的巡警 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） ◆486 从右至左的招财猫 ★488 电视台的恶魔 2008年 492 红与黑的碰撞 血缘 495 红与黑的碰撞 昏睡 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 507 KTV包房的死角（前篇） 509 红白**与侦探团 510 柯南vsW暗号推理 511 推理对决！新一VS冲矢昴 ★515 怪盗基德的瞬间移动魔术 ◆518 明治维新神秘之旅（探索篇） ◆519 明治维新神秘之旅（解决篇） 2009年 ★521 杀人犯—工藤新一 ★522 新一的真实身份与兰的眼泪 523 真正想问的事 524 憎恶是青色的火花（前篇） 525 憎恶是青色的火花（后篇） 533 呼唤过去的伤痕 534 新伤痕与吹口哨的男人 535 旧伤痕与刑警之魂 ◆536 消失名画背后的秘密 542 让鱼儿消失的一角岩（前篇） 543 让鱼儿消失的一角岩（后篇） 549 回转寿司之谜（前篇） 550 回转寿司之谜（后篇） 551 犯人是元太的爸爸（前篇） 552 犯人是元太的爸爸（后篇） ◆554 鹳的探索之旅（兰搜索篇） ◆555 鹳的探索之旅（追踪阳菜篇） 557 与危险的二人同行 柯哀558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼) 2010年 563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默) 568 白鸟警部，樱花的回忆(前篇) 569 白鸟警部，樱花的回忆(后篇) 571 妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) 572 妖怪仓库中的夺宝战斗(后篇) 575 黑色连衣裙的不在场证明(前篇) ◆577 萤火虫点亮的真相 578 召唤危机的红色预兆 583 小林老师之恋 584 白鸟警部的失恋 585 跨越时空的樱花之恋 586 黑暗中消失的麒麟之角 587 基德vs四神侦探团 ◆591水族馆之家
