高起本和专插本学制不同、考试的科目不同、证书不同。高起本是在高中毕业后直接读自考本科，可在短时间内拿到学历；专插本是在大学专科毕业后通过自考读本科，学历含金量高。
一、学制不同
高起本的学习时间一般在四年半到五年之间；而专插本的学习时间在两年半到三年之间。
二、考试科目不同
高起本的文史类考试科目为外语、艺术、体育、语文、数学、历史地理综合(简称史地)，理工类考试科目为外语、艺术、体育、语文、数学、外语、物理化学综合(简称理化)；专升本的考试科目为政治、英语和一门专业基础课，其中政治和英语是统考科目。
三、证书不同
高起本所获得的学历证书上显示高起本的字样；而专升本获得的学历证书有专起本的字样。
