秸秆养殖杀菌的方法主要有以下几种：
阳光暴晒
将秸秆摊在地面上，利用阳光暴晒2-3天，可以杀死大多数病原菌。
化学药剂喷洒
在暴晒之后，使用杀菌剂和杀虫剂均匀地将秸秆喷洒一遍，注意喷洒时要一边喷一边翻动秸秆，做到喷匀喷细，然后覆盖上薄膜1-2天，这样可以基本杀灭秸秆中隐藏的病虫害。
发酵菌种处理
使用前7-10天准备并发酵菌种，每袋菌种可用2亩地。将菌种与红砂糖和水混合后灌入塑料桶或大容器中，放在温度较高且无阳光直射的地方培养，若急用可放到炕上加热5-7天，直到产生酸味为止。
堆肥法
先按每千克鲜秸秆用“腐秆灵”0.3-0.4kg，兑水至35-50L备用。将秸秆平铺成堆，每层15cm厚，连续铺十层，堆完后盖塑料布或糊上泥浆。这种方法可以利用微生物发酵分解秸秆，同时杀灭病原菌。
水田泯制法
水稻收割时将脱粒后的稻秆均匀撒于田面，放水7-10cm深，结合机耕时均匀施用“腐秆灵”，亩用量为2-3kg，压秆后困水以防止菌随水流失。
地下腐烂法
将作物秸秆粉碎均匀撒在地面，在撒秸秆的同时，向秸秆上均匀撒入“腐秆灵”，平均每亩撒2-3kg，然后将作物秸秆和“腐秆灵”一同翻入地下，使作物秸秆在地下快速腐熟。
破碎处理与辅料添加
将农作物秸秆进行破碎处理，然后添加适量的麦麸、米糠、玉米粉、石膏粉、石灰粉等辅料，搅拌均匀后加水拌匀，装袋灭菌，接种培养。
菌液喷洒与窖藏
在窖底铺放20-30厘米厚的粉碎秸秆，均匀喷洒菌液水，使秸秆含水率达60%-70%，然后分层踩实，排除窖内多余的空气，给发酵菌繁殖造成厌氧条件。
这些方法可以单独或结合使用，以达到杀菌消毒的目的，确保秸秆在养殖过程中减少病虫害的影响。
