银杏、红豆杉等都有比较高的药用价值，草麻黄的茎、银杏的种子（白果）是传统的药材。银杏的叶近年已成为制药的重要原料。红豆杉的树皮中提取的紫杉醇，对治疗癌症有很好效果。
裸子植物药用资源近80％的种属于针叶树种，其中最重要的是松科。
中国有松科植物10属、113种、29变种，药用种数占40％。松属是个较大的属，含20种药用植物，主要有油松、马尾松、红松、白皮松和云南松等。本科其他属的主要药用种有冷杉、臭冷杉、油杉、落叶松、白扦、铁杉，以及中国特有的金钱松（土荆皮）和水松等。
柏科的常用药材为侧柏和松花粉等。 柏科中中国有8属、29种、7变种，其中药用资源以圆柏属居多，共有10种，1变种，主要有圆柏、叉子圆柏和兴安圆柏，以及柏木、朝鲜崖柏、刺柏等。
三尖杉科中许多种都含抗癌活性物质，近年来颇受关注。中国有三尖杉科植物：属10种，均可药用，主要有三尖杉、中国粗榧、海南粗榧和台湾粗榧等。
红豆杉科中常用药材种为榧（榧子），其他可供药用的有东北红豆杉。南方红豆杉（血榧）、云南红豆杉和穗花杉等。
杉科和罗汉松科中的药用种较少，主要有罗汉松、百日青、杉木、柳杉及中国珍贵的孑遗植物水杉等。
裸子植物的4个非针叶类型的科中，麻黄科的药用种最多，共有11种、3变种、1变型。其中，草麻黄、中麻黄和木贼麻黄为药典收载种，属于地方习用品的有丽江麻黄、山岭麻、单子麻黄、双穗麻黄和藏麻等。
可以做药材的植物有：何首乌、车前草、白茅根、半枝莲、夏枯草等。
1、何首乌
何首乌（学名：Fallopia multiflora?(Thunb.) Harald.），又名多花蓼、紫乌藤、夜交藤等。是蓼科蓼族何首乌属多年生缠绕藤本植物，块根肥厚，长椭圆形，黑褐色。生山谷灌丛、山坡林下、沟边石隙。产陕西南部、甘肃南部、华东、华中、华南、四川、云南及贵州。其块根入药，可安神、养血、活络，解毒（截疟）、消痈；制首乌可补益精血、乌须发、强筋骨、补肝肾，是常见贵细中药材。
2、车前草
平车前，学名Plantago depressa Willd.，俗称车前草。一年生或二年生草本。直根长，具多数侧根，多少肉质。根茎短。平车前的全株，味甘，性寒。具有利尿、清热、明目、祛痰的功效。幼株可食用。
3、白茅根
白茅根，中药名。为禾本科植物白茅Imperata cylindrica Beauv.var. major（ Nees）C.E.Hubb.的干燥根茎。春、秋二季采挖，洗净，晒干，除去须根和膜质叶鞘，捆成小把。
4、半枝莲
半枝莲（学名：Scutellaria barbata?D. Don）（江苏省植物药材志），别称：赶山鞭（四川成都）、瘦黄芩（四川普格），牙刷草（江苏苏州），田基草（江苏宜兴），水黄芩（江苏南京），狭叶韩信草（广州植物志）。是马唇形科黄芩属多年生草本植物。
半支莲全草入药，具有清热解毒、活血祛瘀、消肿止痛、抗癌等功能。性寒味酸，全草含多种维生素、微量元素及氨基酸等成分。有凉血解毒，散瘀止痛，消肿和清热利湿之功效。
5、夏枯草
夏枯草（学名：Prunella vulgaris?L），别名：麦穗夏枯草、铁线夏枯草（云南丛书），麦夏枯、铁线夏枯（滇南本草），夕句、乃东（本经）等；为多年生草本植物，匍匐根茎，节上生须根。有清火明目之功效，能治目赤肿痛、头痛等。
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