蕨类植物有根、茎、叶之分，不具花，以孢子繁殖。蕨类植物的孢子体远比配子体为发达，并且有根、茎、叶的分化和由较原始的维管组织构成的输导系统，在进化树中是介于苔藓植物和种子植物之间的一个大类群。
根：通常为不定根，形成须根状，它的根不是假根。蕨类植物的根多为有较好吸收能力的不定根，只有极少数原始的种类具假根；假根是只具有固定作用而无吸收功能的根，如海带等藻类的根。
茎：大多数为根状茎，匍匐生长或横走。少数具地上茎，直立成乔木状，如桫椤。
茎上通常被有鳞片或毛茸。鳞片膜质，有各种形状，鳞片上常有粗或细的筛孔。
毛茸有单细胞毛、腺毛、节状毛、星状毛等。最低等的植物是单细胞藻类植物，植物的进化过程是藻类—苔藓—蕨类植物—种子植物（裸子植物—被子植物）。
